دانلود پایان نامه: ژنوتایپینگ سویه های سالمونلا انتریکا سرووار انتریتیدیس جدا شده از نمونه های بالینی از تهران بر پایه ی روش Multilocus vriable VNTR Analysis( MLVA)

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

فهرست مطالب

عنوان صفحه

چکیده فارسی 1

فصل اول :کلیات تحقیق 2

بیان مسئله 3
1-2- کلیات 5

1-2-1، تاریخچه 5

1-2-2، باکتریولوژی سالمونلا 6

1-2-3، تست ها و خواص بیوشیمیایی 6

1-2-4، طبقه بندی سالمونلا 7

1-2-5، آنتی ژن های سالمونلا 9

1-2-6، عوامل دخیل در بیماریزایی در سالمونلا 12

1-2-7. بیماری های ناشی از سالمونلا 13

1-2-8. اپیدمیولوژی سالمونلا 16

1-2-9، تشخیص آزمایشگاهی سالمونلا 16

1-2-10. پیشگیری و کنترل 19

1-2-11، ایمنی 19

1-2-12، درمان 19

1-3 – مروری بر روش های تایپینگ باکتری ها 20

1-3-1- اصول و مبانی روش MLVA 22

1-2-3- کلمات و اصطلاحات کاربردی در MLVA 24

1-3-3- مزایای MLVA نسبت به سایر روش های ژنوتایپنگ 26

1-4- اهداف پایان نامه 31

1-4-1- هدف علمی پایان نامه 31

1-4-2- اهداف جزئی 31

1-4-3- اهداف کاربردی 31

1-5- فرضیه ها 31

1-6- سئوالات 31

1-7- ضرورت انجام تحقیق 32

1-8- جنبه جدید بودن و نوآوری تحقیق 32

1-9- واژه نامه ها و اصطلاحات فنی 32

فصل دوم مروری بر ادبیات تحقیق و پیشینه تحقیق 34

بررسی متون: 35

فصل سوم :مواد وروشها 39

3-1-مواد و تجهیزات 40

3-1-1-دستگاه ها ووسایل مورد نیاز: 40

3-1-2-مواد مصرفی مورد نیاز: 41

3-1-3- محیطهای کشت مورد استفاده: 41

3-2-ترکیبات و محلولهای مورد نیاز و فرمول ساخت آنها 42

3-2-1-تهیه محلول(%25) SDS: 42

3-2-2- محلول EDTA(5/0 مولار): 42

3-2-3-تامپون لیز کننده سلول 42

3-2-4- تامپون TE حاوی RNase 42

3-2-5- بافر(5X)TBE: 42

3-2-7- محلول فنل-کلروفروم-ایزو آمیلیک الکل(PCI): 43

3-3- روش انجام طرح: 44

3-3-1- نوع مطالعه: 44

3-3-2-جامعه مورد مطالعه: 44

3-3-3- جمع آوری اطلاعات: 44

3-3-4- انجام امور باکتریولوژیک: 44

3-4- ژنوتایپینگ ایزوله های سالمونلا با استفاده از روش MLVA 46

3-4-1- انجام آزمایش PCR جهت تکثیر لوکوس های VNTR 46

3-4-2- الکتروفورز محصولات VNTR 50

3-4-3- محاسبه ی اندازه و تعداد تکرار های VNTR 52

3-4-4-تجزیه و تحلیل داده های VNTR 52

فصل چهارم یافته ها 54

4-1- نمتایج حاصل از جمع آوری نمونه ها 55

4-2- نتایچ حاصل از استخراج ژنوم باکتریایی 57

4-3- نتایج حاصل از واکنش PCR جهت تکثیر لوکوس های VNTR 58

4-4- میزان تنوع الل های VNTR 74

4-5- آنالیز داده ها با استفاده از الگوریتم Minimum Spanning Tree 74

4-6- آنالیز داده های VNTR با استفاده از روش NJ 75

فصل پنجم :بحث ونتیجه گیری 77

5-1- بحث 78

5-2- نتیجه گیری و جمع بندی 91

منابع: 92

چکیده انگلسی 96

فهرست جداول و نمودارها

عنوان صفحه

جدول1-1، ویژگی های بیو شیمیایی سالمونلا 8

جدول 1-2، طبقه بندی نوین سالمونلا و میزان سروتایپ ها در زیر گونه ها 9

جدول 3-1، نام لوکوس ها و پرایمر های اختصاصی 47

جدول 3-2،مقادیرموردنیازجهت انجام واکنش هایPCRبرای تکثیرلوکوسهایVNTR 48

جدول 3-3، برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر جهت تکثیر لوکوس های SENTR2،

SENTR3 و SE-7 49

جدول3-4،برنامه ریزی دستگاهترموسایکلرجهت تکثیرلوکوسهایENTR6وSE-8 49

جدول 3-5، برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر برای تکثیر لوکوس SE-4 49

جدول 3-6، برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر جهت تکثیر لوکوس SE-10 50

جدول 3-7، برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر جهت تکثیر لوکوس SE-6 50

جدول 4-1، در فایل EXCEL 73

جدول 4-2، ضریب تنوع هانتر- گاتسون برای هر لوکوس محاسبه شده 74

نمودار 4-1، میزان فراوانی هر یک از سرو تایپ های سالمونلا در پژوهش حاضر 56

نمودار 4-2، میزان شیوع هر یک از سرو تایپ های سالمونلا در پژوهش حاضر 56

فهرست اشکال

عنوان صفحه

شکل 1-1 تصویر دکتر سالمون دامپزشک آمریکایی. 5

شکل1-2 باکتری سالمونلا 6

شکل 1-4مای شماتیک از VNTR ها 23

شکل 1-5 پروفایل اللی 24

شکل 1-6 آنالیز MLVA بوسیله MST 25

شکل 1-7، مزایای MLVA 26

شکل 1-8، مراحل انجام MLVA 27

شکل 4-1، میزان خلوص DNA نمونه ی شماره ی 53 57

شکل 4-2، میزان خلوص DNA نمونه ی شماره ی 24 57

شکل 4-3، لوکوس ENTR6 58

شکل 4-4، لوکوس SE4 59

شکل 4-5، لوکوس SE4 60

شکل 4-6، لوکوسSE6 61

شکل 4-7، لوکوس SE6 62

شکل 4-8، لوکوسSE7 63

شکل 4-9، لوکوسSE7 64

شکل 4-10، لوکوسSE8 65

شکل 4-11، لوکوسSE8 66

شکل 4-12، لوکوسSE10 67

شکل 4-13، لوکوسSE10 68

شکل 4-14، لوکوسSENTR2 69

شکل 4-15، لوکوسSENTR2 70

شکل 4-16، لوکوسSENTR3 71

شکل 4-17، لوکوسSENTR3 72

شکل 4-18، آنالیز داده های VNTR با استفاده از الگوریتم MST. 75

شکل 4-22، درختچه ی NJ 76

چکیده فارسی :
مقدمه:سالمونلاانتریکا سبب ایجاد سالمونلوزیس در انسان می شود. سالمونلا انتریکا سرووار انتریتیدیس، دومین سروتایپی می باشد که در سطح دنیا سبب ایجاد سالمونلوزیس می شود. تکنیک MLVA، یکی از روش های نوین ژنوتایپینگ جهت تمایز ایزوله های باکتریایی در همه گیری ها و یا تعیین قرابت فیلوژنتیکی این ایزوله ها می باشد. هدف از این پژوهش، ژنوتایپینگ سویه های سالمونلا انتریتیدیس جدا شده از نمونه های بالینی در تهران بر پایه ی روش MLVA.

مواد و روش ها: در این پژوهش، 51 ایزوله ی سالمونلا انتریکا سرووار انتریتیدیس از نمونه های بالینی در طی سال های 1387 تا 1389 در تهران جدا شدند. ایزوله های سالمونلا انتریتیدیس با استفاده از تکنیک های بیوشیمیایی و سرولوژیکی تایید شدند. جهت انجام تکنیک MLVA، از هشت لوکوس VNTR استفاده شد.

نتایج: 10 ژنوتایپ متفاوت MLVA، در این پزوهش شناسایی شد. با استفاده از روش MST، 51 ایزوله ی سالمونلا انتریتیدیس در 2 کلونال کمپلکس قرار گرفتند. همچنین با استفاده از تکنیک NJ، این ایزوله ها در دو کلاستر جای گرفتند.

بحث و نتیجه گیری: نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که تکنیک MLVA، یک روش قدرتمند و آسان می باشد و می توان از این تکنیک در اپیدمی ها ی ناشی از سالمونلا انتریتیدیس استفاده نمود.

کلمات کلیدی: سالمونلا، MLVA، VNTR

کلیات تحقیق
بیان مسئله
سالمونلا[1] باسیل گرم منفی،واجدتاژک پری تریش وجزءخانوادهیانتروباکتریاسهمیباشد.گروه سالمونلا شامل یک جنس منفرد به نام سالمونلا است. این جنس شامل ارگانیسم هایی است که قبلا تحت عنوان سالمونلا و آریزونا شناخته می شدند. وقتی سالمونلا ها از طریق مسیر خوراکی به انسان و حیوانات منتقل شوند، بیماریزا هستند. این باکتری از طریق حیوان و فروارده های حیوانی به انسان سرایت می کنند و موجب تب روده ای، مسمومیت های غذایی و گاستروانتریت در انسان می شوند(7).

طبقه بندی سالمونلا در طی سالیان متمادی دچار تغییرات زیادی شده است. سالمونلا گروه بزرگی از باکتری های روده ای شامل تقریبا 2200 سروتایپ می باشد. بر مبنای مدل اخیر طبقه بندی CDC تنها یک گروه منفرد از سالمونلا وجود دارد که به هفت زیر گروه(1،2،،a3،b3،4،5،6) طبقه بندی می شوند. طبقه بندی اخیر بر مبنای شباهت ژنتیکی ایزوله های سالمونلا) 16S r RNA) است. سیستم های طبقه بندی قدیمی تر شامل 1) طبقه بندی کافمن_وایت: که هر سروتایپ را به صورت یک گونه منفرد سالمونلا شناسایی می کند. 2) سیستم ادواردز_اوینگ: که سالمونلاها را به سه گونه( سالمونلا کلراسوئیس، سالمونلا تایفی، سالمونلا انتریتیدیس) و صدها سروتایپ تقسیم بندی می کند. 3) مدل هیبریداسیون DNA: که سالمونلا ها را به یک گونه به نام سالمونلا

موضوعات: بدون موضوع لینک ثابت

فید نظر برای این مطلب